Η Ναϊμέγκεν βρέθηκε για πρώτη φορά στην ιστορία της στα προκριματικά του Champions League, συμμετέχοντας σε ένα μεγάλο… θρίλερ στην τελευταία «στροφή» του πρωταθλήματος Ολλανδίας την περασμένη αγωνιστική περίοδο.
Κόντρα στην Γκόου Αχέντ Ιγκλς -την οποία είχε αντιμετωπίσει ο Παναθηναϊκός– η νυν αντίπαλος του Ολυμπιακού χρειαζόταν να χάσει βαθμούς η Τβέντε στην έδρα της Αϊντχόφεν και να κάνει εκείνη το καθήκον της.Και κάπως έτσι, επιβλήθηκε 2-1 των Ιγκλς, την ίδια στιγμή η PSV έκανε πάρτι με σκορ 5-1 στο δικό της παιχνίδι και η Ναϊμέγκεν βρέθηκε στον δρόμο των «ερυθρόλευκων». Η Ναϊμέγκεν βρέθηκε και στον μεγάλο τελικό του Κυπέλλου Ολλανδίας διεκδικώντας το πρώτο της τρόπαιο, αλλά η Αϊντχόφεν τη συνέτριψε με το τελικό 5-1.Το ολλανδικό κλαμπ επιστρέφει στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις έπειτα από 17 χρόνια, μέσω της καλύτερης θέσης που έχει καταλάβει ποτέ στην Eredivisie, τερματίζοντας στο τρίτο σκαλί της βαθμολογίας.
Τη σεζόν 2003-2004 βρέθηκε στο Κύπελλο UEFA για να δώσει μόλις δύο παιχνίδια με τη Βίσλα Κρακοβίας και να «χαιρετήσει», ενώ το 2004 παρέστη και στο Intertoto για ένα σύντομο πέρασμα.
Η τελευταία ευρωπαϊκή της εμπειρία ήταν στο Κύπελλο UEFA του ’08-’09, όπου μάλιστα πέρασε από τη φάση των ομίλων απέναντι σε Ντινάμο Ζάγκρεμπ, Τότεναμ, Σπαρτάκ Μόσχας και Ουντινέζε, ενώ στους «32» αποκλείστηκε από το Αμβούργο.




