Η ευρωπαϊκή διαδρομή του ΟΦΗ είναι γεμάτη με χρυσές σελίδες, σπουδαίες προκρίσεις και βραδιές που έμειναν ανεξίτηλες στη μνήμη των φιλάθλων του στο «Γεντί Κουλέ».Το ταξίδι ξεκίνησε τη σεζόν 1986-87, όταν ο «Όμιλος» πέτυχε την πρώτη ευρωπαϊκή νίκη της ιστορίας του επικρατώντας της ισχυρής Χάιντουκ Σπλιτ με 3-2. Ένα χρόνο αργότερα, στο Κύπελλο Κυπελλούχων, ακολούθησε η σπουδαία νίκη με 1-0 επί της ιταλικής Αταλάντα χάρη στο τέρμα του Γιάννη Σαμαρά, αποδεικνύοντας ότι το Ηράκλειο μετατρεπόταν σε απόρθητο κάστρο.
Η απόλυτη ευρωπαϊκή καταξίωση ήρθε τη σεζόν 1993-94 στο Κύπελλο UEFA, υπό τις οδηγίες του Ευγένιου Γκέραρντ. Αφού απέκλεισε τη Σλάβια Πράγας νικώντας την με 1-0 στην Κρήτη, ο ΟΦΗ βρέθηκε αντιμέτωπος με την πανίσχυρη Ατλέτικο Μαδρίτης.Μετά την ήττα με 1-0 στην Ισπανία, ακολούθησε το μεγαλύτερο έπος της ιστορίας του: με τα γκολ των Νίκου Μαχλά και Γιοβάν Τζουγκάνοβιτς επικράτησε με 2-0 στο Ηράκλειο, πετώντας εκτός διοργάνωσης τους Μαδριλένους και παίρνοντας την πρόκριση για τους «16».Η ευρωπαϊκή δυναμική συνεχίστηκε και τη σεζόν 1997-98, με την επιβλητική νίκη 3-0 επί της Φερεντσβάρος με πρωταγωνιστή τον Γιάννη Αναστασίου, αλλά και το εντυπωσιακό 3-2 απέναντι στη γαλλική Οσέρ του Γκι Ρου για τη φάση των «32».
Η ιστορία συνέχισε να γράφεται και στη νεότερη εποχή. Τη σεζόν 2026-27, στην επιστροφή του στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, ο ΟΦΗ πραγματοποιεί εξαιρετική πορεία στο UEFA Europa League.Αρχικά εξασφάλισε την είσοδό του στη League Phase επικρατώντας με δύο νίκες της ΤΣΣΚΑ Σόφιας (3-0 στο Ηράκλειο και 0-2 στη Βουλγαρία), ενώ στην πρεμιέρα της κύριας φάσης πέτυχε άλλη μία μεγάλη νίκη απέναντι στη γερμανική Χόφενχαϊμ με 2-0 στο Παγκρήτιο Στάδιο.
